גיבוש הכוחות המיוחדים בישראל החל עם הקמת קבוצת הצנחנים "צנחנים" (מחלקה, אז אנשי פלוגה, לאחר מכן פרוסה בגדוד 890) במסגרת צבא ההגנה לישראל (צה"ל), וכן כיתת סיור מיוחדת ב. חטיבה 1 גולני. בשנים 1951-1952 הייתה לצה"ל גם את מה שנקרא אוגדה 30 (סגל פלוגה), שהתמקדה בלחימה בקבוצות מורדים וחבלה ערביות. בשנת 1953, בהנהגתו של אריאל שרון, הוקמה היחידה ה-101 של עד 50 איש במיוחד לביצוע פעולות מזוינות מחוץ לשטח ישראל, הנחשבת ליחידה הראשונה של הכוחות המיוחדים הישראלים.
עד מהרה הוא אוחד עם גדוד הצנחנים 890, שבראשו עמד שרון. ב-1956, יחד עם גדוד המילואים הטריטוריאלי ה-88 החדש וה-771, שימש ה-890 בסיס לפריסת חטיבה 35 של חי"ר (למעשה חטיבת הסתערות הצניחה, הנושאת את השם המקביל "מצנח"). היא שנותרה במשך תקופה ארוכה הבסיס של הכוחות המיוחדים של צה"ל.מסוף שנות ה-50, בחטיבות הנשק המשולבות של הצבא הישראלי, החלו להקים פלוגות סיור ("פאלסר"), שאמנם נועדו לפתור את המשימות המסורתיות של המודיעין הצבאי, אך בתנאים ישראליים גם נשאו בפועל. להוציא פעולות חבלה ו"פושטות". המשך התפתחותן של פלוגות אלו בחטיבות המובחרות והפעילות ביותר של צה"ל (צניחה, גולני, גבעתי, נח"ל) עד תחילת שנות ה-2000 הובילה להתפתחותן לגדודים ייעודיים (גדסר). נוצרו מספר גדודי כוחות מיוחדים נפרדים. חלקם שולבו בחטיבת הקומנדו 89 של עוז, שהקמתה הפכה לשלב בהתפתחות הכוחות המיוחדים הישראלים.
בשנת 1957, על פי הדגם של ה-SAS הבריטית, נוצרה יחידת ייעוד מיוחדת של הכפיפה המרכזית "סיירת מטכ"ל" ("סיירת המטכ"ל", המכונה גם אוגדה 262 או 269), שהתמקדה בביצוע סיור ו פעולות חבלה מחוץ לישראל. הכוחות המיוחדים שלהם הופיעו בחיל הים (13 משט) וחיל האוויר ("שלדג" - "שלדג") של ישראל.
לאחר פיגועי הטרור הגדולים של תחילת שנות ה-70, אחת המשימות המרכזיות של הכוחות המיוחדים בישראל הייתה המאבק בטרור.
הכוחות המיוחדים הישראלים מחולקים למה שמכונה המעגל החיצוני ("כוחות התערבות") - הם כוללים את שייטת מטקל, שייטת 13, ימ"מ - יחידות מובחרות המתמקדות בפעולות סיור, חבלה ולוחמה בטרור, כולל בחו"ל, ו"פנימיות ", הכוללת את היחידות ה"צבאיות" של הייעוד המיוחד של צה"ל, המיועדות לסיור ופעולות בגבול ובשטחים הכבושים.
כוחות ה"מעגל החיצוני"
סיירת מטקל
יחידה זו נמצאת בסמכותו הישירה של מטכ"ל צה"ל והיא מעורבת במשימות הקשות ביותר הן בחו"ל והן בתוך ישראל. כפופים לראש מינהלת המודיעין הצבאי של המטה הכללי (אמ"ן).
הנתונים על סיירת מטכ"ל מסווגים, אך ההערכה היא שמספר היחידות אינו עולה על 200 איש. לכל אנשי הצבא יש אימוני צניחה וכמה התמחויות צבאיות. ככל הנראה, היחידה מורכבת ממדור בקרה, שלושה מחלקות קרב, מחלקה מיוחדת לפעילות בים (כולל כשחיינים קרביים) וקבוצת אספקה.
נטען כי הכשרת כוח האדם בסירת מטקל היא האינטנסיבית ביותר מבין כל חלקי הכוחות המיוחדים הישראליים. המיון מתבצע בתחילה בקרב מתנדבים והכשרה לפי שיטות מיוחדות אורכת כשנתיים. בארבעת החודשים הראשונים מתקיים קורס סטנדרטי ללוחם צעיר על בסיס חטיבת הצנחנים, לאחר מכן שיעורים של שלושה שבועות בבית ספר לצניחה, לאחר מכן אימון ישיר בסירת מטכ"ל למשך 18-19 חודשים המסתיים בכפייה. צעדה של 120 קילומטרים, שהיא מעין חניכה לכומתה האדומה.
עם סיום הקורס והמבחן, הלוחם חותם על חוזה לשנה נוספת לפחות (בנוסף לשנת השירות הצבאי שנותרה לו). כך, כשנכנסים לסירת מטקל, חייל משרת ארבע שנים במקום שלוש. עם זאת, כמעט כולם מאריכים את החוזה בעתיד, כך שהחלק מקצועי לחלוטין.
שייטת 13
השייטת ה-13 של חיל הים הישראלי ("שייטת 13") היא מערך הכוחות המיוחדים הישראלי הוותיק ביותר. לצד פעולות סיור וחבלה תת-ימיות, צורות ההעסקה העיקריות של שייטת 13 הן נחיתה של קבוצות סיור וחבלה מהים וכן תפיסת ספינות. בהתחשב במעורבות המתמדת של המשט (בעשורים האחרונים) לפעילות ברצועת עזה, סבורים כי כיום מבצעים קרקעיים רווחים ברשימת המשימות העיקריות של היחידה.
השייטת ה-13 מחולקת לשלוש קבוצות ייעודיות ("פלוגת") של המקבילה הפלוגתית - ה"פשיטה" ("פלוגת הפוטסים") המרובה ביותר לפעולות קרקע ולוחמה בטרור, פעולות שטח (על סירות), שחיינים קרביים. יש גם חוליית אימונים. השייטת מוצבת בבסיס חיל הים עתלית ליד חיפה.
הגיוס וההכשרה של אנשי שייטת 13 דומה לסירת מטקל - גם מתנדבים נבחרים מבין המתגייסים. הכשרתם כוללת קורס חי"ר של חצי שנה בבסיס חטיבת הנח"ל, קורס בית ספר לצניחה של שלושה שבועות, מכינה מיוחדת בת שלושה חודשים (בדגש על אימונים ימיים ושחייה) וצלילה של חודש. קורס צלילה, ולאחריו קורס הכשרה בסיסי של 12-13 חודשים. ישירות בשייטת 13. כאן הם כבר מחולקים לפי התמחויות ולשלוש קבוצות מיוחדות של המשט. לאחר מכן, נכרת חוזה לשנה וחצי עם הלוחם (בנוסף לתקופת השירות הצבאי העיקרי של שלוש שנים). לפיכך, חיי השירות הראשוניים של לוחם ביחידה הם 4,5 שנים.
"שלדג"
יחידה מיוחדת (5101) של חיל האוויר הישראלי הוקמה מאנשי המילואים של סיירת מטקל. בתחילה, משימתו העיקרית הייתה הדרכה אווירית מתקדמת וציון יעדים, לאחר מכן המשימה העיקרית הייתה חילוץ אנשי צוות חיל האוויר בשטח האויב, וכן המאבק נגד הטרור, שכבר היה מסורתי עבור הכוחות המיוחדים הישראלים. כתוצאה מכך, "שלדג" הוא מעין כוחות מיוחדים "מחלקים" של חיל האוויר, לא שונה מדי מ"סיירת מקל". הוא מוצב בבסיס פלמחים. מסלול ההכשרה ללוחמי "שלדג" נמשך 22 חודשים, כאשר הוא כולל לימודי ניווט, הדרכה אווירית מתקדמת וקביעת מטרות וסיור לטובת חיל האוויר.
YAMAM
YAMAM הוא ראשי תיבות של "יחידה מרכזית מיוחדת" או "יחידה משטרתית מיוחדת". זהו המחלקה "העיקרית" נגד הטרור במדינה (כמו אלפא ברוסיה או GSG-9 בגרמניה). המספר הנוכחי הוא כ-200 איש.
מבחינה פורמלית, ההתמחות של YAMAM היא שחרור בני ערובה, אך למעשה היא משמשת לביצוע מגוון המשימות הרחב ביותר.
לפי מקורות ישראלים, YAMAM משתפת פעולה באופן הדוק עם שירות הביטחון הישראלי "שב"כ" וכיום למעשה ממלאת את תפקיד הכלי החשמלי הישיר שלה.
הם הולכים לשרת בימם במסגרת חוזה. כל חייל של צבא, משטרה ומשמר הגבול מתחת לגיל 25 ששירת לפחות שלוש שנים ביחידות קרביות וסיים קורס מפקדי חוליות יכול להיות מועמד. החוזה נחתם לשלוש שנים עם זכות להארכה במספר תקופות. כל המועמדים עוברים תוכנית הכשרה אינטנסיבית לתקופה של 13 חודשים.
אריאל שרון עבר מר"ט לאלוף בצה"ל. עמד בראש יחידת "101", שהפכה לאב-טיפוס של "סיירת מטקל". הוא הוביל באופן אישי פעולות רבות של הכוחות המיוחדים. בקרב החיילים נהנו מסמכות בלתי מעורערת ומפופולריות רבה.
אהוד ברק אהוד ברק פיקד על הכוחות המיוחדים של סיירת מטקל, היה מהמפתחים העיקריים של פשיטת הקומנדו על אנטבה. בגיל 37 קיבל דרגת תת-אלוף, בשנת 1971 מונה לעמוד בראש המטה הכללי של צה"ל.
משה יעלון משה יעלון הפך את "סיירת מטקל" לקריירה מזהירה, התקופה בה פיקד על הכוחות המיוחדים נקראת אחת המשגשגות. ב-1995 מונה לראש המודיעין הצבאי. שלוש שנים לאחר מכן - מפקד המחוז הצבאי המרכזי. ב-2002 היה ראש מטה צה"ל.