החוטפים הורו לטייסים ללכת לבנגאזי הלובי, והנהגת המדינות שאזרחיהן נלקחו כבני ערובה החלה לחפש בדחיפות מגעים עם ממשלת ג'מהירייה הלובית. אבל המחבלים השתמשו ב"מולטי-pass" - ככל הנראה, שניים נוספים הצטרפו אליהם בבנגאזי, שדיווחו כי מסוכן להישאר בלוב, וכי עליהם לפעול לפי תוכנית שפותחה מראש - לטוס לאוגנדה לאחר תדלוק, שבו יכלו למצוא מקלט אצל הרודן אידי אמין, מה שנעשה ב-28 ביוני 1976 (המטוס נחת כשנותרו רק 15-20 דקות של דלק במיכליו).

דיקטטור אוגנדה אידי אמין.
בנמל התעופה באנטבה הצטרפו לפחות ארבעה מחבלים נוספים ל-4 או 6 חוטפים, והם העלו דרישות לשחרור כמה עשרות קיצונים מבתי הכלא בישראל, צרפת, שוויץ, גרמניה וקניה. אם זה לא ייעשה, המחבלים איימו לפוצץ את המטוס עם כל בני הערובה ב-1 ביולי. ממשלות של מספר מדינות החלו מיד לנסות לנהל משא ומתן עם אמין, למרות שהתברר כי שלטונות אוגנדה עומדים לצד החוטפים, אך לא נגד תפקיד המתווכים. כתוצאה מכך החליטו המחבלים לשחרר את כל בני הערובה הלא-יהודים, ומתוך 260 אנשים על הסיפון, 103 - 83 יהודים (כולל 77 אזרחים ישראלים) ו-20 בני ערובה לא יהודים (מתוכם 12 בני ערובה חברי האיירבוס צוות שהחליט להישאר עד הסוף) נשאר על הסיפון. ועוד כמה אנשים שהציעו לשחרר ילדים ונשים במקום עצמם או שנחשבו לטרוריסטים כיהודים).
מיד לאחר החלטה זו שלחה אייר פראנס מטוס נוסף בו פונו האנשים ששוחררו על ידי החוטפים. ראוי לציין שממשלות ישראל וצרפת, קודם כל, רצו לפתור את הבעיה באמצעות משא ומתן דיפלומטי, אך כמעט מיד החלה להתפתח במקביל תוכנית לשחרור כוחני. למטרות אלו בוצעו תצלום אוויר של השטח ובדיקת שטח שדה התעופה מכלי טיס שהגיע לפנות את המשוחררים. אבל דרך המשא ומתן נחשבה בשלב זה למכריעה, במיוחד צרפת וישראל ניסו להשפיע על אידי אמין. במיוחד ניסה חברו האישי, קצין צה"ל ברוך בר-לב, לשכנע את הרודן אוגנדה להשפיע על המחבלים, אולם למרות שאמין הבטיח לסייע, הוא לא עשה דבר.
ההצלחה החשובה היחידה שהושגה במשא ומתן הייתה שהמחבלים הסכימו להזיז את המועד האחרון לפיצוץ מטוס הנוסעים עם בני ערובה מה-1 ביולי ל-4 ביולי, ולבסוף, להציב אנשים לפחות בבניין שדה התעופה. זה נתן לאנשים לפחות נוחות מינימלית והקל על התקיפה. זה מה שאפשר לשירותי המודיעין הישראלים לא רק להיערך למבצע לשחרור החטופים בכוח, אלא גם לבצע אותו בהצלחה.

דיאגרמת טיסה של מבצע ברק.
לקראת המבצע נעשה ניתוח של רמת היכולות הטקטיות של צבא אוגנדה וחושב תרחישים אפשריים. לאחר נחיתת המטוס שנחטף על ידי מחבלים באנטבה, נשלחו בדחיפות סוכני שירות הביון הישראלי המוסד לקניה ואוגנדה, שבזכותם התקבלו נתונים על כוחות מחבלים ויחידות של צבא אוגנדה באזור קמפלה. נתונים אלה לא היו נוחים במיוחד - נוצרו יחסים הדוקים בין החוטפים הבינלאומיים לרשויות הצבא של אוגנדה, ובאזור אנטבה הוצבו כ-20.000 חיילים ויותר מ-260 ציוד. עם זאת, למרות שזו הייתה בעיה גדולה, אך לא העיקרית - סכנה חמורה יותר ייצגו כ-50 מיג-17 ומיג-21 אוגנדים, שיכולים לעצור את המבצע עוד לפני תחילתו או למנוע את סיומו בשלום.
העברת כוחות גדולים תְעוּפָה כדי לנטרל את האיום הזה, ראשית, הוא יורגש מיד על הרדאר, ושנית, הוא ייתפס על ידי הקהילה הבינלאומית כעוד תוקפנות לכאורה של ישראל נגד מדינה אחרת. בהקשר זה פותחה תוכנית פחות מסוכנת: יחידה של שחיינים קרביים ישראלים הייתה אמורה להנחית על אגם ויקטוריה, להגיע לחוף, לעבור בביצות ולהכחיד את המחבלים במכה בלתי צפויה ולשחרר את בני הערובה, בדרישה מ. אמין אחרי המעבר החופשי הזה הביתה.
אולם, מכמה סיבות, הוחלט לנטוש את התוכנית הזו, משום. התברר לממשלת ישראל כי הרודן אוגנדה אינו במצב רוח לעזרה ותמך באופן מלא בחוטפים. כתוצאה מכך, נבחרה תוכנית הרבה יותר מסוכנת, פשוטו כמשמעו "על סף עבירה", עם נחיתה של קבוצת שביתה משילוח יחיד מסוג C-130 "הרקולס" ממש בשדה התעופה באנטבה.

תכנית הכוחות המיוחדים הישראלים בשדה התעופה באנטבה.
למרות העובדה שהישראלים הצליחו לסייר היטב את האזור סביב אנטבה, המידע על הנעשה בתוך מטוס הנוסעים ובתוך מבנה שדה התעופה היה דל מאוד. לאחר מכן הוחלט ליצור מתווה טקטי של הטרמינל, שעליו נבחנו אפשרויות פעולה שונות, שעזרה רבות מהעובדה שבניין שדה התעופה נבנה על ידי חברה ישראלית שסיפקה את תוכניותיו. גם בני הערובה ששוחררו היו לעזר רב, וסיפקו מידע על מספר המחבלים, זהותם ומיקומם המשוער של החיילים האוגנדים.
בעיה נוספת הייתה המרחק הרב מאוד (~4000 ק"מ), שהקשה על פעילות התעופה הישראלית, ובנוסף, בכל מקרה, נדרש תיאום פעולות עם לפחות אחת ממדינות אפריקה באזור. להשיג מסדרון אוויר. כתוצאה מכך הצליחה ממשלת ישראל לקבל את הסכמתו של נשיא קניה, אוגנדה השכנה, ג'ומו קניאטה, לחצות את המרחב האווירי וקצת אחר כך לתדלק.

מטוס תובלה צבאי "הרקולס" מעל הים.
כתוצאה מכך, המריאה קבוצת מטוסים ישראליים, המבוססת על 4 תובלה Lokheed C-130 "הרקולס", בליווי מספר מק-דונל דאגלס F-4 "פנטום" לפשיטה המדהימה שלהם. בנוסף למטוסים הללו, הקבוצה כללה שני מטוסי בואינג 707, שאחד מהם היה מפקדה מעופפת וריכז את כל המבצע, והשני היה בית חולים מעופף ונחת בנמל התעופה בניירובי. המטוסים טסו דרומה לאורך הים האדום בגבהים נמוכים במיוחד כדי להימנע ממכ"מים מצריים וסעודים, ובשעות הלילה המאוחרות נחת הראשון מההרקולס עם קבוצת התקיפה על מסלול שדה התעופה באנטבה.

על סיפון ה"הרקולס" עומס "מרצדס", שקיבל תפקיד חשוב במבצע.
שירותי הקרקע של אוגנדה טעו שהלוח הנחיתה הוא הספינה, שלמעשה הייתה אמורה להגיע בקרוב, אבל קצת מאוחר יותר. בחשכת הלילה התגלגלה מרצדס שחורה בליווי לנד רוברס מבטן המטוס ומיהרה לבניין שדה התעופה. על המכוניות, שהיו אמורות לדמות הגעת פקיד בכיר או אמין עצמו (שזה עתה עזב את הארץ), הייתה קבוצה תוקפת של 29 קומנדו ישראלים. הוא התבסס על לוחמי יחידת סיירת מטקל, האנלוג הישראלי ל-SAS הבריטי, בראשות סגן אלוף יונתן נתניהו.

שברון של יחידת המבצעים המיוחדים סיירת מטקל.
בעקבות הטרנספורט הראשון נחתו בהצלחה עוד שלושה הרקולס, מהם הוצנחו קבוצות תמיכה ומילואים, שכללו כ-60 לוחמים שנבחרו מפלוגה מיוחדת של חטיבת גולני ומחטיבה 35 מוטסת "צחנים". מטרת קבוצת התקיפה הייתה לפרוץ למבנה שדה התעופה ולחסל את המחבלים. מטרות קבוצות התמיכה והעתודה היו ליצור מסגרת חיצונית להגנה על כלי הנחתת, למנוע ניסיונות עזרה למחבלים של צבא אוגנדה, ובמידת הצורך לסייע לקבוצת התקיפה ולתדלק את כלי הטיס שנחתו (במקרה שקניה תסרב לספק שדה תעופה בשטחו).

שברון של יחידת המבצעים המיוחדים "חטיבה מוטסת 35"
באופן כללי ניתן לומר שהמבצע הצליח - למרות שהשיירה נעצרה על ידי עמדת הפיקוח, מהרגע שנורו היריות הראשונות מהשקט. נשק ועברו פחות מ-2 דקות עד לחיסול המחבלים השומרים על החטופים. כמרכיבים חשובים להצלחה, ראוי לציין כי כל בני הערובה הוצבו באולם המרכזי של שדה התעופה, בצמוד ישירות למסלול ההמראה, וכי אולם זה לא נכרה. יתרה מכך, רק מחבל אחד היה ישירות בין בני הערובה - הקיצוני המרקסיסטי ווילפריד בוזה, אשר יתרה מכך, לא ירה באנשים סביבו, אלא נכנס לקרב עם הכוחות המיוחדים. שלושת המחבלים האחרים שהו בחדר הסמוך וגם הם לא הצליחו לפגוע בבני הערובה.

תוכנית תקיפת הכוחות המיוחדים הישראלים על טרמינל שדה התעופה.
כתוצאה מכך, במהלך הקרב, על פי מקורות שונים, נהרגו בין 4 ל-7 מחבלים מתוך 8 או 10 שהשתתפו בשבי. לרוע המזל, במהלך השחרור נהרגו שני בני ערובה באש צולבת, ובן ערובה נוסף נורה למוות על ידי חייל כוחות מיוחדים, בגלל. נשאר לעמוד אחרי הפקודה "ליפול לרצפה!" (או שהוא בהלם, או שלא מבין את המשמעות של הנאמר, כי הפקודה בוטאה בעברית ובאנגלית, והוא היה יהודי צרפתי שלא ידע אף אחת מהשפות).
לאחר מכן החלו חיילי הכוחות המיוחדים להוציא את בני הערובה ולהובילם למטוס התובלה. בשעה זו הבינו החיילים האוגנדים מה קורה ופתחו באש וקראו לתגבורת. כתוצאה מחילופי האש הללו נהרג מפקד קבוצת השביתה, בעוד שהאוגנדים איבדו מ-20 ל-45 איש ונאלצו לסגת. בנוסף לקורבנות הנ"ל, נפצעו 5 בני ערובה ו-4 חיילי כוחות מיוחדים (אחד מהם הפך לנכה משותק). במקביל, כדי לנטרל את האיום מחיל האוויר של אוגנדה, השמידו כוחות מיוחדים ישראלים בין 11 ל-30 מטוסי קרב שנמצאים בבסיס האווירי (שהיוו חלק ניכר מכלל המטוסים שעמדו לרשותו של אידי אמין).
מפגש בני הערובה שחולצו בנמל התעופה בן-גוריון.
בסך הכל, המבצע לשחרור החטופים ארך קצת פחות משעתיים: הרקולס הראשון טס לניירובי 2 דקות לאחר נחיתת הלוחמים, והמטוס הישראלי האחרון המריא משדה התעופה באנטבה לאחר שעה ו-53 דקות. לא נדרש תדלוק במקום, כי. נשיא קניה, למרות זאת, הסכים בסופו של דבר לא רק למסדרון האווירי, אלא גם לשימוש בשדה התעופה בניירובי, שללא ספק תרם להצלחת התוכנית.
הקורבן האחרון מהטיסה שנחטפה תל אביב-פריז הייתה דורה בלוך בת ה-75, שמתה מידי שומריו של אמין, שאושפזה לפני תחילת הניתוח בבית החולים בגלל מצב קשה. על פי כמה דיווחים, גם כמה אחיות ורופאים שניסו לעצור את הרוצחים נורו למוות. עם זאת, הנפגעים הגדולים ביותר במבצע ברק היו אלו של עמי קניה החיים באוגנדה (שאמין האשים בסיוע לישראל). מספרם המדויק של הקורבנות הללו עדיין לא ידוע, אבל לפחות אנחנו מדברים על מאות קנייתים הרוגים, הן מתים מידי חיילים אוגנדים והן מידי שבטים עוינים שקיבלו קארט בלאנץ' על פוגרומים ורציחות מהדיקטטור אוגנדה.

ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו ליד קברו של אחיו יונתן.
בישראל נקראה התוכנית המקורית של המבצע "Thunderbolt" ("כדור הרעאם"), באנגלית - "Thunderbolt" ("ברק"); לאחר מכן, לכבודו של מפקד הכוחות המיוחדים שנפטר, נודעו הפעולות באנטבה כ"מבצע יונתן" ("מצבא יונתן"). עוד יש להוסיף כי לאחר התקרית, מדינות אפריקה, ערביות וסוציאליסטיות כינסו מושב מיוחד של האו"ם בנושא הפרת ריבונות אוגנדה, אולם רוב מדינות העולם ראו בפעולותיה של ישראל "כפויות ודי נסבלות". אותו מבצע "מכת רעם" במשך זמן רב הפך למודל של הצלחה מדהימה, המבוססת על חישוב מדויק ואמונה בניצחון.
ובכן, לסיכום, כקוריוז, ניתן לומר שהצוות הצרפתי של האיירבוס, שנשאר מרצונם עם החטופים, מיד עם שובם לצרפת, קיבל נזיפה מהנהלת אייר פראנס והושעה מלטוס. עם זאת, עד מהרה כולם הוכרזו כגיבורים לאומיים, זכו ב"מסדרי האומץ" ("Ordre National du Merite"), ומפקד המטוס מישל באקו הפך גם לבעל "מסדר לגיון הכבוד", וכן, כמובן, כל אנשי הצוות הוחזרו לעבודה.