הרייך השלישי נכנס למלחמת העולם השנייה, ללא צי הצוללות הרב ביותר בעולם - רק 57 צוללות. הרבה יותר צוללות היו בשירות ברית המועצות (211 יחידות), ארה"ב (92 יחידות), צרפת (77 יחידות). הקרבות הימיים הגדולים ביותר של מלחמת העולם השנייה, בהם השתתף הצי הגרמני (קריגסמרין), התרחשו באוקיינוס האטלנטי, שם הקבוץ החזק ביותר של הצי האמריקאי והאנגלי פעל כאויב העיקרי של החיילים הגרמנים. עם זאת, התרחש עימות חריף גם בין הסובייטים לגרמנים ציים - בים הבלטי, בים השחור והצפוני. צוללות לקחו חלק פעיל בקרבות אלו. גם צוללות סובייטיות וגם גרמניות הראו מיומנות עצומה בהשמדת ספינות תובלה ולחימה של האויב.
באזור הבלטי. צוללות סובייטיות החלו לבצע משימות קרב בקיץ 1941. עד סוף 1941 הצליחו לשלוח 18 ספינות תובלה גרמניות לקרקעית. אבל גם הצוללות שילמו מחיר עצום - ב-1941 איבד הצי הבלטי 27 צוללות.
הניצחון הראשון בדו-קרב בין צוללות ברית המועצות לגרמניה זכה אנשי הצבא של הקרגסמרין. זה קרה ב-23 ביוני 1941, כשהצוללת הגרמנית U-144 בפיקודו של לוטננט פרידריך פון היפל הצליחה לשלוח את הצוללת הסובייטית M-78 (בפיקודו של סגן בכיר דמיטרי שבצ'נקו) לקרקעית הים הבלטי. .
[מרכז]

אבל U-144 לא הצליח להגדיל את רשימת הלחימה שלו. ב-10 באוגוסט 1941 התגלתה ספינה גרמנית על ידי צוללת הדיזל הבינונית הסובייטית Shch-307 "Pike" (בפיקודו של סגן מפקד נ. פטרוב) באזור השטח. דאגו במצר סולוסונד (הבלטי). "פייק" ירה מטח שני טורפדו. שתי הטורפדות פגעו במדויק במטרה, ו-U-144, יחד עם כל הצוות (28 איש), הושמד.
ב-21 ביולי 1941 נפלה הצוללת הסובייטית M-94 בפיקודו של סגן בכיר ניקולאי דיאקוב קורבן לצוללת גרמנית נוספת - U-140. במגדלור Kõpu נפגעה בירכתי הצוללת M-94. זה היה טורפדו שנורה מהצוללת הגרמנית U-140 (המפקד J. Hellrigel). צוות ה-U-140 לא תקף מחדש את הצוללת הסובייטית, והצוללת הגרמנית ברחה. M-94 טבע במהרה. 8 אנשי צוות מליוטקה נהרגו. השאר חולצו על ידי צוות M-98.
"תינוק" נוסף שמת בהתנגשות עם צוללות גרמניות הייתה צוללת M-99 בפיקודו של סגן בכיר פופוב בוריס מיכאילוביץ'. M-99 הושמד במהלך שירות קרבי ליד האי אוטה על ידי הצוללת הגרמנית U-149 (מפקד לוטננט-מפקד הורסט הולטרינג), שתקפה צוללת סובייטית עם שתי טורפדות. זה קרה ב-27 ביוני 1941.
בנוסף לצוללות הבלטיות, עמיתיהם מהצי הצפוני לחמו בחירוף נפש עם החיילים הגרמנים. הצוללת הראשונה של הצי הצפוני שלא חזרה מהמערכה הצבאית של המלחמה הפטריוטית הגדולה הייתה הצוללת M-175 בפיקודו של סגן מפקד מאמונט לוקיץ' מלקאדזה. M-175 הפך לקורבן של הספינה הגרמנית U-584 (מפקד סגן מפקד יואכים דקה). זה קרה ב-10 בינואר 1942 באזור שמצפון לחצי האי ריבאצ'י. המכונית הגרמנית נעה מתחת למים, עקפה את הספינה הסובייטית ותקפה אותה תוך ירי 4 טורפדות, שתיים מהן פגעו במטרה. M-175 טבעה ולקחה איתה 21 אנשי צוות אל מעמקי הים.
מוצלחת עבור צוללים סובייטים הייתה התקפת הצוללת הבינונית הסובייטית S-101 של הצוללת הגרמנית U-639, שבוצעה ב-28 באוגוסט 1943 בים קארה. הצוללת הגרמנית U-639, סגן ויכמן, ביצעה משימה קרבית של הנחת מוקשים במפרץ אוב. הצוללת הגרמנית נעה על פני השטח. טרופימוב הורה לתקוף את ספינת האויב. C-101 ירה שלוש טורפדו ו-U-639 טבע באופן מיידי. 47 צוללות גרמניות נהרגו בהתקפה זו.
לפיכך, הניקוד הכולל של דו-קרב בין צוללות גרמניות לסובייטיות הוא 4:2 לטובת הצוללות הגרמניות. בדו-קרב בין צוללות, המנצח היה זה שחישב במהירות את מיקומו של האויב והצליח לספק מכות טורפדו מדויקות.