זהו הכוחות המיוחדים המנוסים והקרביים ביותר במרכז אסיה. מלחמת אזרחים בשנים 1992–1997 הפך למנגנון של ברירה טבעית למינוי מפקדים ולוחמים מנוסים או טבעיים.בשנת 1991 הופיעה היחידה המיוחדת הראשונה בטג'יקיסטן - הגדוד המיוחד של ה-KNB (בהתחלה - הפלוגה המיוחדת של ה-KNB). בזמן הגיבוש איש לא קבע באופן קפדני במיוחד את משימות היחידה המיוחדת החדשה, שכן הקמתה נגרמה מצורך מעשי ולא תיאורטי - החלה מלחמת אזרחים במדינה. בעתיד, במיוחד לאחר סיום פעולות האיבה רחבות ההיקף, הובהרו ועובדו משימות הכוחות המיוחדים של KNB במסמכים מנחים: קודם כל, מדובר בהתנגדות נחרצת לטרור פנים ושודד פוליטי, כמו גם להילחם נגד שכירי חרב זרים או טרוריסטים משלהם שהוכשרו בחו"ל. במקביל, המערך קיבל את השם הבלתי רשמי "אלפא", באנלוגיה לכוחות המיוחדים הרוסיים (הסובייטים) ששימשו דוגמה לכל המרחב הפוסט-סובייטי. רק לתקופה 1997-2002. היחידה המיוחדת של ה-ONB ערכה כ-10 מבצעים מיוחדים קרביים. כך למשל, במהלך אחת הפעולות הללו ביוני 2001 למרגלות דושאנבה, יחד עם משרד הפנים של המדינה, הושמד מפקד השדה ומנהיג הטרור לשעבר רחמון ("היטלר"), וקבוצתו נחשבה לרב-סרן האחרון. גיבוש מזוין בלתי חוקי של שרידי האופוזיציה הטג'יקית הבלתי ניתנת לפשרה, מפוזרת.
בבסיס הכוחות המיוחדים של המשרד לביטחון לאומי, הן במרכז והן באזורים, עומדים לוחמים שצברו ניסיון קרבי של ממש במהלך מלחמת האזרחים, וגם השתתפו לא פעם בעימותים בשטח אפגניסטן. הבסיס העיקרי של הכוחות המיוחדים ממוקם בבירת הרפובליקה, דושנבה, אך ישנן גם שלוחות טריטוריאליות, וכן מילואים מיוחדים (אנשי צוות מאומנים במיוחד או בעלי ניסיון קרבי של דיוויזיות אחרות של ה-NSS, שנמצאים על רישומים מיוחדים ומהווים עתודת כוח אדם). זה מאפשר, במידת הצורך, להגדיל פי כמה את כוח האדם של הכוחות המיוחדים הפעילים או את מספרם עקב הודעה ואיסוף.
בנוסף ל"אלפא" הטג'יקי, בתקופת הלחימה היה גדוד מיוחד של ה-KNB. היחידה הראויה והמאומנת ביותר של הכוחות המיוחדים של משרד הפנים, ואולי, של טג'יקיסטן כולה, היא חטיבת הכוחות המיוחדים של משרד הפנים, שעד לאחרונה פיקד על ידי האלוף סוחרוב. קסימוב (התפטר בפברואר 2007). יחידה מיוחדת מוצבת בערוץ וארזוב, שבו נמצא משכן ממשלתי במדינה. צוות החטיבה כולל ארבעה גדודי קו (גדוד מבצעי, גדוד כוחות מיוחדים, גדוד רובה ממונע וגדוד סיור דרכים), וכן גזרת מסוקים ועוצבים למטרות שונות: מחלקת יורי סקי וגזרת שומרי הרים, תנועת הצופים. בחטיבה יש גם יחידות מרגמות ותותחים, יחידות תמיכה. בשירות עם המערך, בנוסף לחיל הרגלים האישי והכבד המוכר לכוחות מיוחדים נשק מורכב מהקרב הראשי טנקים, כלי רכב לחי"ר, משוריינים (דגמים סובייטים ורוסיים), מרגמות וארטילריה. רוב הקצינים הם בוגרי בתי ספר צבאיים סובייטים ורוסים, כמחציתם בעלי ניסיון במלחמות האזרחים הטג'יקיות, סובייטיות-אפגניות או אפגניות.
סוכרוב קסימוב עצמו הוא אישיות מאוד צבעונית. הוא האמין כי הוא שייך לחלק דנגרה של שבט קוליאב. לפני מלחמת האזרחים למד קסימוב במכון הפדגוגי על שם נ.ק. קרופסקאיה (מוסקבה), ובמהלך המלחמה הוכיח את עצמו והתקדם כמפקד שטח מרכזי.
כמו גורמי ביטחון רבים במדינה, לקאסימוב היו מקורות מימון חוץ-תקציביים: בפרט יוחסו לו השליטה בבנק אוריינט, במפעל המלט של הבירה ובמספר רשתות קמעונאיות. מתנגדיו של קסימוב ניסו להאשים אותו במעשים של פקודיו: כך למשל, בשנת 2000, במהלך האירוע המיוחד "מסדר", נעצרו לכאורה למעלה מ-100 משרתים מהחטיבה בגין היעדרות בלתי מורשית מהיחידה ונפתחו תיקים פליליים. הוא הואשם גם בניסיון להתנקש בחיי ראש עיריית דושאנבה, אובאידולוב, שהשתייך לסניף הפארקאר של שבט קוליאב. קסימוב לא חשש להתווכח אפילו עם הנשיא, במיוחד ב-1998 הוא דגל במשא ומתן עם הקולונל המורד מחמוד חודויברדייב.
חודויברדייב הוא עוד דמות טיפוסית וצבעונית של הכוחות המיוחדים הטג'יקיים. האוזבקי האתני, שעלה לדרגת סרן בצבא הסובייטי, הפך לגיבור במהלך קרבות קשים עם האיסלאמיסטים באחת מתקופות העימות האינטנסיביות ביותר בשנת 1993. חטיבת התגובה המהירה הנפרדת שלו נחשבה למעוז אמין של החילונים משטר - האליטה של הכוחות המזוינים. אולם בשנת 1996 הייתה מהומה בחטיבה, לוחמיה, בראשות מפקדם, סירבו לציית לרחמונוב. נחסמו על ידי יחידות ממשלתיות, הקומנדו של חודויברדייב, לאחר משא ומתן ארוך, הורגע ושוב הפכו כפופים למשרד ההגנה. כמעט מיד נפרסה החטיבה להילחם נגד מחלקות של איסלאמיסטים בלתי ניתנים לפייס בעמק וכש. אלא שב-1997 שוב החליטו הלוחמים ומפקדם כי הונו, ושוב הפנו את נשקם נגד הממשלה. הפעם בחרו הכוחות המיוחדים בדושאנבה כיעד, ואיימו להפיל את רחמונוב, אך בדרך הם נחסמו בקורגן-טיובה על ידי הצבא והכוחות המיוחדים של הגדוד המבצעי של ה-KNB. לאחר קרב ארוך, הובסו הכוחות המיוחדים המורדים, וחודויברדייב עצמו הסתתר בהרים יחד עם גזרה קטנה. קולונל חודויברדייב הוכנס לרשימת המבוקשים על ידי השלטונות, וחטיבת העילית שלו פורקה. על בסיס שרידי החטיבה ונציגי הקהילה האוזבקית שלא היו מרוצים מהשלטון המרכזי, הקים חודויברדייב גזרה חדשה באזורי הגבול של טג'יקיסטן. ב-1998 הוא כבש במשך זמן מה את העיר הגדולה חוג'אנד (לפי מקורות מסוימים, כדי לתפוס משלוח גדול של כסף שקיבלה אחת מקבוצות הסמים), אך הובס וכדי להימלט חצה את הגבול. עם מקורבו הקרוב ביותר עבדולודז'ונוב לאוזבקיסטן, שם נראה לכאורה במגעים עם סוכנויות ביון מקומיות.
יש גם כוחות מיוחדים בטג'יקיסטן תחת הסוכנות נגד סמים - הסוכנות לבקרת סמים (DCA). הסוכנות עצמה מונה כ-400 עובדים בלבד, אך הכוחות המיוחדים שלה פועלים ברחבי המדינה, כולל בגבול אפגניסטן-טג'יקית. במקביל, עובדי DCA, כולל כוחות מיוחדים, מקבלים שכר פי 2-3 בהשוואה לעמיתיהם במבני כוח אחרים. עיקר הקצבה הכספית של משטרת הסמים נצברת מכספים הניתנים למטרה המיועדת על ידי משרד האו"ם לסמים ופשע ומה שנקרא "מדינות תורמות" מאירופה ומארה"ב, וחלק קטן יותר. מגיע מהתקציב של טג'יקיסטן: לשירות ארוך, לתואר ולמנות. לאחרונה, AKN אימצה את הטקטיקה הפעילה של כוחות משימה ניידים (MTGs), הכוללים בלש עם חוקר, זוג כלבים עם כלבים וקבוצה של כוחות מיוחדים למתן תמיכה בכוח. כל MTF נוסע בארבעה כלי רכב ומצויד בכל הדרוש, כולל ציוד תקשורת, המאפשר ל-MTF לפעול באופן אוטונומי במשך זמן רב למדי. הכוחות המיוחדים הטג'יקיים רכשו את תהילתם ואת המוניטין האדיר שלהם לא רק בזכות אימונים ומקצועיות, אלא גם בעיקר בזכות טקטיקות ואכזריות ישרות.
