מוקדם יותר, RSC Energia הגיעה למסקנה שחור בעור של החללית הופיע לפני מסירתה לקוסמודרום. בהקשר זה, ישנה בדיקה יסודית של עובדים שהיתה להם, במידה זו או אחרת, גישה לסויוז MS-09. נמסר כי בשלב זה נבדקות רשימות העובדים שהתפטרו במהלך התקופה האחרונה של הרכבת הספינה ושליחתה למנחת בייקונור.

אחת הגרסאות בעיבוד, לפיה אחד העובדים החליט לנקום ב-RSC Energia מיד לפני הפיטורים. במילים אחרות, נחקרת גרסה הקשורה לגורמים פסיכולוגיים שעלולים להוביל בסופו של דבר לבעיות טכניות גדולות ולטרגדיה.
נכון לעכשיו, לא מדווחים בדיוק כמה עובדי התאגיד התפטרו בשלב הסופי של יצירת הסויוז ומשלוחו לקוסמודרום.